Von ehemaligen Entwicklungsingenieuren und Managern der Amiga Technologies wurde auch das Unternehmen PIOS Computer AG gegründet, das später zur Metabox AG umfirmiert wurde. Zunächst wurde bei PIOS-Metabox die Idee von PowerPC-basierten Rechnern bzw. Powermac-Clones auf CHRP-Basis verfolgt. Diese Idee scheiterte an der geänderten Lizenzpolitik von Apple, so dass später lediglich noch Turbokarten für Mac-Rechner gefertigt wurden. Inspiriert von phase5, die ab 1996 ebenfalls PPC-Turbokarten für Powermacs und Amiga-Rechner entwickelten, startete Metabox mit der AmiJoe (basierend auf der joeCard) eigene Anstrengungen. Später wurde der Einstieg in den Set-Top-Box-Markt versucht, der in einem Fiasko für Metabox und deren Entwickler endete. Teilweise floss die begonnene Software-Entwicklung jedoch in MorphOS ein – der Open-Source-AmigaOS-Clone AROS stellt hier eines der Bindeglieder dar.
Die PowerPC-Anstrengungen von phase5 endeten zwar mit dem Konkurs des Unternehmens – die Karten wurden danach aber noch eine Zeit lang von DCE gefertigt und verkauft. Die bereits verkauften Cyberstorm- und Blizzard-Prozessorkarten können mit den verschiedensten Betriebssystemen betrieben werden. Neben OS3.9, das diese Hybride unterstützt, gab es das Powerup System, das von Phase5 für genau diese Karten entwickelt wurde (eine Art System-Plug-In ins vorhandene AmigaOS 3.x). Das konnte sich – trotz der besseren Speicherverwaltung – nicht gegen das aufkommende WarpOS von Haage&Partner durchsetzen. Angepasst wurden u. a. auch AmigaOS4, NetBSD, Linux, Morphos.
Das Unternehmen Amiga, Inc. konzentrierte sich zunächst auf die Entwicklung des AmigaDE (Digital Environment) auf Basis von TAO/Intent sowie dem zugehörigen SDK für Windows- und Unix/Linux-Rechner. Danach folgte AmigaAnywhere unter anderem für Pocket-PC-basierte PDA-Systeme. Um dem ungebrochenen Interesse einer Weiterführung der jetzt Classic Amiga getauften Produktlinie nachzukommen, suchte sich Amiga, Inc. Partner für eine Neubelebung der Amiga-Plattform: Eyetech und Hyperion Entertainment.
Im Jahr 2003 erschien schließlich die Hardware eines offiziellen Nachfolgers – des AmigaOne von Eyetech –, die statt der veralteten 680×0-CPUs von Motorola moderne PowerPC-CPUs enthält. Anfangs stand für diesen Computer nur Linux/PPC zur Verfügung – die erste öffentliche Version des von Hyperion Entertainment entwickelten neuen AmigaOS 4.0 wurde erst später, im Juni 2004, als Developer Pre-Release an die bisherigen Käufer ausgeliefert. Als inoffizielle Konkurrenz zum AmigaOne hat sich der – ebenfalls CHRP-basierte – Pegasos-Rechner von Genesi etabliert, der allerdings eher in der Tradition von phase5 und VisCorp zu sehen ist.
Mitte 2003 wurden die Rechte am Amiga-Betriebssystem durch das Unternehmen KMOS gekauft, im Juli 2004 wurde auch Amiga, Inc. von KMOS übernommen.
Am 24. Dezember 2006 stellte das Unternehmen Hyperion nach fünf Jahren Entwicklung AmigaOS 4.0 fertig. Diese Betriebssystemversion läuft nativ auf PowerPC-Systemen.
Im Mai 2007 kündigte Amiga Inc. zwei neue Rechner an. Das Einstiegsmodell sollte 489 US$ kosten, der große Rechner 1.498 $. Der Verkauf sollte ab Winter 2007 erfolgen. Dies geschah allerdings nicht.
Im August 2008 veröffentlichte Hyperion Entertainment AmigaOS 4.1, wobei es sich um die erste Version von AmigaOS handelt, die eine reine PPC-Hardware voraussetzt und dadurch nicht mehr auf klassischen Amigas mit PowerUP-Erweiterung läuft. Die Version 4.1 war damit vorerst nur mit AmigaOne-Hardware zu gebrauchen, obwohl dieser zum Zeitpunkt der Veröffentlichung nicht mehr erhältlich war.
Wenige Monate später gaben die Unternehmen Acube Systems und Hyperion bekannt, dass AmigaOS 4.1 auf Rechnern mit einer aktualisierten Version des SAM440-Motherboards von Acube lauffähig ist. Da die Rechte der Marke Amiga bei dem Unternehmen Amiga, Inc. liegen und die Unterstützung der SAM440-Hardware von AmigaOS 4.1 nur durch die erfolgreiche Zusammenarbeit zwischen Hyperion und ACUBE entstanden war, gibt es Zweifel darüber, ob diese Lösung rechtens ist. Amiga, Inc. gab mehrfach bekannt, neue Amiga-Hardware von anderen Herstellern produzieren zu lassen, ohne diese Ankündigung umzusetzen, so dass Hyperion als Hersteller des Betriebssystems selbstständig nach einem Anbieter von geeigneter Hardware für sein Betriebssystem suchte. Inzwischen (Dezember 2009) hat Hyperion eine Klage gegen Amiga, Inc. gewonnen und hat damit die vollen Nutzungsrechte am AmigaOS 3.1, sowie den eigenentwickelten Versionen 4.0 und Folgesystemen, sowie an der Nutzung der Namen Amiga und AmigaOS, sowie des Boingball-Logos. Im Januar 2010 gab Hyperion bekannt, über die neu gegründete Tochterfirma A.Eon einen neuen Computer namens AmigaOne X1000 zu bauen. Dieser neue Rechner verfügt über einen programmierbaren XCore-Chip XMOS XS1-L1 128 SDS namens Xena als Coprozessor, außerdem einen Prozessor aus der Familie des PowerPC. Anfang 2012 wurden erste Exemplare des AmigaOne X1000 ausgeliefert. 2017 erschien mit dem AmigaOne X5000 ein weiteres Modell von A.Eon auf dem Markt. Acube hingegen stellte im September 2011 mit dem AmigaOne 500 ebenfalls ein Komplettsystem auf Basis des SAM460ex-Mainboards und AmigaOS 4.1 vor.
Da es passieren kann, dass die originalen Diskettenlaufwerke kaputtgehen, haben Bastler Umbauanleitungen für diverse PC-Laufwerke erstellt.
Seit 2014 existiert auch ein Amiga auf Basis einer Emulation auf einem ARM-System, genannt Armiga. Er verfügt, je nach Modell, über ein eingebautes 3,5-Zoll-Diskettenlaufwerk und kann einen Amiga 500 sowie einen Amiga 1200 nachbilden. Die enthaltenen 1.3-Kickstart-Roms sind offiziell lizenziert.