Als der Auserwählte jedoch mit dem gewünschten Kit von Vault 13 zurückkehrt, muss er feststellen, dass die sogenannte Enklave, die sich als legitimer Nachfolger der Regierung der Vereinigten Staaten sieht und nach der Auslöschung aller Mutanten strebt, das Dorf überfallen und seine Bewohner unter ihre brutale Herrschaft gezwungen hat. Der Auserwählte muss nun in direkter Auseinandersetzung mit der Enklave für die Freiheit Arroyos kämpfen.
Im Vergleich zum Vorgänger gab es keine größeren Veränderungen des Spielprinzips. Der Spieler erstellt auf Basis des S.P.E.C.I.A.L.-Charaktersystems einen Protagonisten, der in Echtzeit isometrische 2D-Landschaften erkundet, wobei für Kämpfe in ein rundenbasiertes System umgeschaltet wird. Im Vergleich zum Vorgänger besteht dabei nun auch eine größere Auswahl potenzieller Begleiter zur Auswahl. Für das schnellere und sichere Bereisen der Spielwelt kann der Spieler im Spielverlauf zudem in den Besitz eines Fahrzeugs gelangen. Für den Port werden die Dateien der PC Version benötigt.